La mayoría de las familias de Kobonal son demasiado pobres para pagar, incluso, los costos de la educación pública. Para combatir esto, Kobonal proporciona matrícula y uniformes a costos reducidos o, en lo posible, gratuitos en sus escuelas primarias. 1.260 niños reciben dos comidas diarias, al mismo tiempo que una educación católica de alta calidad.
La escuela de la Misión Kobonal es una de las mejores y más grandes de la región. Los estudiantes reciben formación espiritual a través de cursos de catecismo, y una Misa semanal. En asociación con Cross Catholic Outreach, el Padre Glenn Meaux ofrece un programa de becas que permite a 480 estudiantes con dificultades económicas asistir a la escuela secundaria. Además, otorga 20 becas para estudiantes universitarios.